Подход к определению гибридной структуры проясняет взаимодействие между РНК-связывающими доменами нуклеокапсида SARS-CoV-2 и РНК и дает информацию для скрининга фрагментов для выявления перспективных молекулярных каркасов для разработки лекарств. Кредит: Исследования нуклеиновых кислот (2023). DOI: 10.1093/нар/гкад195
Группы Аллена (IBC), Госсерта (BNSP) и Лейтнера (IMSB) исследовали лекарственную способность взаимодействий нуклеокапсидного белка SARS-CoV-2 с РНК с помощью подхода к определению гибридной структуры, который привел к идентификации первичных попаданий фрагментов. Их выводы были опубликованы в Исследования нуклеиновых кислот.
Помимо эффективных вакцин, противовирусные соединения представляют собой фундаментальный подход к борьбе с вирусными заболеваниями. Группы D-BIOL во главе с Фредериком Алленом, Альваром Госсертом и Александром Лейтнером исследовали взаимодействие между нуклеокапсидным белком SARS-CoV-2, который обладает двумя известными РНК-связывающими доменами, и РНК sm2, расположенной в 3’UTR SARS. РНК -CoV-2 может быть лекарственной.
Они выбрали гибридный структурный подход, основанный на экспериментах ЯМР в растворе и сшивке МС, чтобы быстро получить структурную информацию об этих комплексах. Затем эта информация использовалась для создания ограничений для построения моделей комплексов sm2 РНК и двух РНК-связывающих доменов нуклеокапсидного белка, для которых несвязанные структуры были решены ранее. Результатом этого подхода стала первая модель того, как один из РНК-связывающих доменов взаимодействует с РНК, и расширились знания о другом РНК-связывающем домене.
Затем использовали скрининг фрагментов на основе ЯМР для идентификации соединений, связывающихся либо с одним из двух белковых доменов, либо с РНК в отдельности. Из этих соединений были выбраны те, которые связываются с интерфейсом взаимодействия соответствующих молекул, которые были известны из моделей гибридного структурного подхода. В целом эксперименты показали, что эти взаимодействия белка с РНК кажутся лекарственными препаратами. Следовательно, идентифицированные соединения обеспечивают основу для разработки более мощных молекул, ингибирующих эти взаимодействия белок-РНК.
Больше информации:
Джакомо Падрони и др., Подход к определению гибридной структуры для исследования лекарственной способности нуклеокапсидного белка SARS-CoV-2, Исследования нуклеиновых кислот (2023). DOI: 10.1093/нар/гкад195
Цитата: Исследование взаимодействий РНК нуклеокапсидного белка SARS-CoV-2 с лекарственными свойствами (3 апреля 2023 г.), получено 3 апреля 2023 г. с https://phys.org/news/2023-04-druggability-sars-cov-nucleocapsid-protein-rna. .html
Этот документ защищен авторским правом. За исключением любой честной сделки с целью частного изучения или исследования, никакая часть не может быть воспроизведена без письменного разрешения. Контент предоставляется только в ознакомительных целях.
