[ad_1]
Белковые архитектуры конститутивных и индуцируемых (RP, индуцированных, уравновешенных и зависящих от состояния) промоторов. Композитные графики экзонуклеаз иммунопреципитации хроматина (ChIP-exo) маркируют 5′-концы (сайты остановки экзонуклеаз, как показано) для 70 репрезентативных белков, ассоциированных с промотором/геном (из 400), распределенных вокруг указанной контрольной точки по оси X (UAS, Sua7 или +1 nuc) в каждом классе промоутера (ряды панелей). Каждый целевой белок в вертикальном столбце определяется одним цветом, легенда которого находится внизу. Отдельные комплексы, представленные белком, указаны на отдельных панелях. См. Материалы и методы для деталей. Интервалы оси X ориентированы так, что транскрипция идет вправо. UAS соответствует сайту связывания ssTF или эквивалентному расстоянию выше (150 п.н.) сайта начала транскрипции (TSS), когда UAS отсутствовал. Sua7 (TFIB) соответствует пику Sua7 ChExMix, ближайшему к аннотированному TSS, и, по существу, является местоположением PIC. +1 nuc представляет собой среднюю точку нижестоящей нуклеосомы, ближайшую к TSS. Выравнивание по этим эталонным объектам обеспечило высокое позиционное разрешение. Данные противоположной цепи инвертируются. «N» обозначает количество членов класса. Шкала заполнения по оси Y одинакова и, таким образом, сопоставима для конкретной мишени в различных классах промоторов (идентификатор анализа: CM701–CM707). Кредит: Гены и развитие (2022). DOI: 10.1101/gad.350026.122
Дрожжи, этот простой организм, необходимый для приготовления пива и хлеба, открыл исследователям Корнельского университета ключевой механизм контроля над генами.
Транскрипция генов — сложный процесс, который наши клетки используют для чтения генетической информации, хранящейся в ДНК, — долгое время считалось, что она включается только тогда, когда определенные регуляторные факторы перемещаются в определенные последовательности ДНК. В новом исследовании группа ученых из Корнелльского университета обнаружила, что некоторые гены уже имеют свои регулирующие транскрипцию факторы и кофакторы, но находятся в латентном состоянии. При соответствующих сигналах эти «уравновешенные» гены становятся очень активными.
Используя методы CRISPR, исследователи удалили части механизма транскрипции дрожжей, чтобы систематически изучить роль, которую они играют в регуляции генов. Дрожжи и люди имеют в основном один и тот же молекулярный механизм для регуляции своих генов, поэтому дрожжи представляют собой прекрасную модель для понимания регуляции генов у людей.
«Это похоже на игру «Дженга», где вы вынимаете деревянный блок из башни из блоков и смотрите, не рухнет ли все это целиком. Так мы узнаем, как белковые машины работают внутри клеток», — сказал Б. Франклин Пью, профессор молекулярной биологии. и генетика и соответствующий автор исследования.
«Ценность готовности заключается в том, что определенные гены, такие как гены реакции на окружающую среду, могут быстро реагировать на изменяющуюся среду; например, когда дрожжи сталкиваются с сахарами хлеба и усваивают их, в результате чего тесто для хлеба поднимается», — сказал Пью.
«Опираясь на годы существующих исследований и сочетая их с современными и элегантными инструментами геномики, мы помогли нам заполнить пробелы в текущих знаниях, а также сделать новые открытия», — сказал Читван Миттал, первый автор и научный сотрудник Института здоровья животных Бейкера. в ветеринарном колледже.
Исследование было опубликовано в Гены и развитие.
Карта эпигенома дрожжей раскрывает детали регуляции генов
Читван Миттал и др., Интегрированный путь сборки SAGA и TFIID PIC, селективный в отношении уравновешенных и индуцированных промоторов, Гены и развитие (2022). DOI: 10.1101/gad.350026.122
Предоставлено Корнельским университетом
Цитата: Новое исследование показывает, как гены включаются и выключаются (27 октября 2022 г.), получено 27 октября 2022 г. с https://phys.org/news/2022-10-reveals-genes.html.
Этот документ защищен авторским правом. За исключением любой честной сделки с целью частного изучения или исследования, никакая часть не может быть воспроизведена без письменного разрешения. Контент предоставляется только в ознакомительных целях.
[ad_2]
Source link
